從最早期的手工操作PCR反應，到半自動機械臂在水浴中操作PCR反應，再到目前已經非常成熟的半導體（Peltier）溫控技術，PCR設備對操作人員來說已經變得越來越友好，越來越便利。
早期的PCR條件優化只能一次又一次地不停嘗試各種實驗條件的組合，直到90年代中期Eppendorf在5331系列PCR上實現了不同列之間不同溫度的功能，一次實驗就能夠測試12個不同的條件，一下子將PCR實驗條件優化的效率提高了10倍以上，這也是我們所熟知的PCR梯度功能。
PCR儀作為一個成熟的設備，是否還有發展的空間呢？
答案是肯定的，Eppendorf在最新的Mastercycler®X50系列PCR儀上引入了創新的2D梯度功能。
世界著名的MPICBG（MaxPlanckInstituteofMolecularCellBiologyandGenetics）的科學家，在使用了EppendorfMastercycler®X50的2D梯度功能后表示，使用2D梯度可以非常方便地在一次實驗中對PCR反應過程中的兩個溫度步驟進行優化（如，變性與退火），一次可以摸索96個不同的溫度條件組合。
這樣的條件優化對于難以擴增的高GC含量的模板的條件優化顯得尤為重要。
而這使得PCR條件優化的過程有了全新的可能性。
